会社売却で法人税が動くのはどんなときか？取引の形ごとに整理する

会社を売る話をしているのに、途中から「法人税がどうなるか」で頭がいっぱいになる。これは、すごく自然なことです。

なぜなら「会社売却」とひとことで言っても、お金が動く場所が一つではないからです。
「会社そのものを売る」のか、「事業だけを売る」のか。
さらに、売る前に会社の中を整理するのか。
この違いだけで、法人税が関係する場面が変わります。

一方で、ネットの記事や営業トークでは、こう言い切られがちです。
「株式譲渡なら法人税は関係ない」
「事業譲渡は法人税がかかる」
方向性としては間違っていないこともありますが、現実はもう少しだけ複雑です。
たとえば株式譲渡でも、売却前の整理のしかたによっては会社側で税金が動くことがあります。
逆に事業譲渡でも、何をどの条件で売るかによって、負担感は大きく変わります。

この記事では、難しい計算や専門用語の暗記はしません。
代わりに、法人税が動くのは「どこで利益が出たときか」という見方で、会社売却の形を整理します。
そして、交渉の場で「税金の話が出た瞬間に不安で止まる」状態にならないように、確認すべきポイントを順番に並べます。

読み終えたころには、少なくとも次の2つが言える状態を目指します。

• いま検討している売り方だと、法人税が関係しやすいのはどの場面か
• 見積もりや提案を比べるときに、前提がズレていないか自分でチェックできるか

「税金のせいで、話が前に進まない」を減らすために。ここから一緒に整理していきましょう。

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会社売却で法人税の話が出る理由

会社を売る話をしているのに、途中から「法人税がどうなるか」が急に気になってくる。これは、すごく自然な反応です。

なぜかというと、会社売却ではお金が動く場所が一つではなく、話が進むほど「どこで何が起きているのか」が見えにくくなりやすいからです。

会社を売る話でも、お金が動く場所は一つではない

「会社を売る」と聞くと、売主がお金を受け取って終わり、のように感じます。

でも実際には、場面によってお金が動く主体が変わります。たとえば、個人として受け取るお金もあれば、会社の中で動くお金もあります。

ここが整理できていないと、法人税の話が出た瞬間に「え、結局どっちに税金がかかるの？」と不安になりやすいです。

まずは、全体像だけをシンプルに置いておきます。

この表で言いたいのは、細かい税率や計算ではありません。法人税は「会社の中で利益が出るとき」に関係しやすいという、入口の整理です。

会社売却の話をしているのに法人税が出てくるときは、多くの場合、交渉や準備のどこかで会社の中のお金が動く前提が含まれている、ということになります。

税金の種類が混ざると、判断が遅れやすい

法人税の話で混乱しやすい理由は、税金の種類が混ざりやすいからです。

たとえば同じ「売却でお金が入る」という出来事でも、

• 誰にお金が入るのか（個人なのか、会社なのか）
• どんな性質のお金なのか（利益なのか、資産の移動なのか）

この2つが曖昧なまま話が進むと、「税金が高い・安い」だけが先に来てしまって、判断が止まりやすくなります。

さらにややこしいのは、相手や立場によって説明が変わって聞こえることです。売主としては「手取りがいくら残るか」が気になりますし、支援者側は「どこに税金リスクがあるか」を先に見ようとします。どちらも大事なのに、視点が違うまま同じ言葉を使うので、混線しやすいんですね。

ここでのポイントはひとつです。法人税の話が出たら、まず税金の話を追う前に、次の問いに戻るだけで整理が進みます。

今の話は、個人に入るお金の話なのか。それとも、会社の中で利益が出る話なのか。

この問いを一度挟むだけで、「法人税の話が出てきた理由」が見えるようになり、焦りや不安が少し落ち着きます。

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まず押さえたい会社売却の代表的な形

会社売却の税金を考えるとき、いちばん最初にやるべきことは「税率を調べること」ではありません。

どの形で売る話になっているのかを押さえることです。ここがズレると、あとからどれだけ丁寧に考えても、前提が違うまま話が進んでしまいます。

会社売却でよく出てくる形は、ざっくり3つです。それぞれ「お金がどこに入るのか」「何が動くのか」が違います。

株式を売る形

これは、オーナーが持っている株式を買い手に渡す形です。

イメージとしては、会社の名義や契約、従業員との関係などを大きく動かさずに、会社の持ち主だけが変わるような形です。

この形で「売る対象」は、会社の設備や在庫そのものではなく、あくまで株式です。なので、お金を受け取るのも基本的には株式を持っている人になります。

ただし、ここで大事なのは、株式を売る形が「必ずシンプル」という意味ではない点です。交渉の中で「会社の中を整理してから進めよう」という話が混ざると、会社側のお金の動きも出てくることがあります。

事業だけを売る形

これは、会社そのものを渡すのではなく、会社が行っている事業の一部または全部を、買い手に渡す形です。

事業には、たとえば次のようなものが含まれます。

• 取引先との契約や受注の流れ
• 設備や在庫
• 店舗や拠点の利用権
• ブランド名やサービス名
• 引き継ぐ人員や業務の進め方

この形の特徴は、売る主体が会社になりやすいことです。つまり「会社が事業を売って、会社にお金が入る」構図になることが多いです。

そのため、法人税の話が出てきやすいのも、一般的にはこの形です。ここで細かい計算はしませんが、押さえるべき感覚は一つだけです。

事業だけを売る形は、会社の取引としてお金が動くので、会社側の税金が論点になりやすい、ということです。

会社の中の資産を整理してから売る形

これは、売り方としては「株式を売る形」になることが多いのですが、その前に会社の中の資産やお金の状態を整える動きが入るパターンです。

たとえば、買い手から見て気になるものが会社の中にあると、こんな相談が出てきます。

• 使っていない資産が多いので整理したい
• 会社にお金がたまりすぎていて扱いを決めたい
• 事業と関係ないものを外に出したい

ここで注意したいのは、整理の中身は「単なる片付け」ではなく、会社の中で売買や移動が起きる場合があることです。

つまり、株式を売る形を目指していても、その前段で会社側のお金が動くことで、法人税の話が出てくることがあります。

「株式を売る形の話をしていたのに、なぜ法人税の話が混ざるのか」と感じたときは、この整理の動きが入っていないかを疑うと、状況がつかみやすくなります。

3つの形の違いを、見比べられるようにしておきます。

この段階では「どれが得か」を決めなくて大丈夫です。まずは、いま自分が検討している話がどの形に近いのかを見分けられるだけで、税金の話を落ち着いて聞けるようになります。

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法人税がかかりやすいのは事業を売る形

会社売却の話で「法人税はどうなりますか？」と聞かれやすいのは、事業を売る形のときです。

理由はシンプルで、事業を売る形では多くの場合、会社が取引の当事者になり、売った結果として会社に利益が出ることがあるからです。

ここでは細かい税率や計算式は置いておいて、法人税が出てくる仕組みを「起きやすい形」で整理します。

会社が利益を得たときに法人税がかかる

法人税は、ざっくり言うと会社の利益に対してかかる税金です。

事業を売る形では、「会社が事業を売って、会社にお金が入る」流れになりやすいので、売却によって会社の利益が増えると、その分法人税の話が出てきます。

ここで一つだけ押さえておくと安心なのは、次の感覚です。

売った金額そのものに法人税がかかるわけではなく、売った結果として利益が出た部分が問題になりやすい

つまり、「売ったら全部が課税される」と身構える必要はありません。大事なのは、売ったことで利益がどれだけ増えるか、という見方です。

売った資産ごとに利益が出る仕組み

事業を売る形では、事業をひとまとめで売るように見えても、中身を分けてみると複数の資産の集まりです。

そして、資産はそれぞれ「帳簿の金額」と「売った金額」が一致しません。ここにズレがあると、資産ごとに利益が出たり、逆に利益が出なかったりします。

イメージをつかむために、ざっくりの例を置きます。

• 帳簿では100万円の資産を、150万円相当で売った → 差の50万円分は利益になりやすい
• 帳簿では100万円の資産を、80万円相当で売った → 差のマイナス20万円になりやすい

ここで大事なのは、事業売却の話をしているときは提示額だけでなく、資産ごとの中身で話が進むことがある、という点です。

買い手と「総額はいくらか」を握ったあとに、次の段階で「その内訳はどうするか」という話が出ることがあります。内訳が変わると、会社の利益の出方も変わりやすいので、法人税の見え方もブレます。

在庫や設備やのれんが論点になりやすい

事業を売る形で特に話がこじれやすいのが、在庫、設備、のれんです。どれも「いくらと見るか」がズレやすいからです。

在庫は、数量が多かったり種類が多かったりすると、評価の仕方が分かれやすいです。古い在庫や動きの悪い在庫が混ざっていると、買い手は慎重になります。

設備は、帳簿の金額と実際の価値がズレやすい代表です。古い設備でも現場では活躍していることがありますし、逆に帳簿上は残っていても実態として使われていないこともあります。

のれんは、見えない価値の部分です。ざっくり言うと「仕組み・顧客・ブランド・人の動き方」など、目に見える資産だけでは説明しきれない価値がここに集まりやすいです。

のれんは、金額の付け方が一つに決まっているわけではありません。だからこそ、事業の説明が弱いと「のれんが高すぎる」「根拠が薄い」といった形で不安につながりやすいです。

事業を売る形では、総額の話だけで終わらず、在庫・設備・のれんなどの内訳が論点になりやすい

内訳の置き方が変わると、会社に出る利益の見え方も変わりやすいので、法人税の話が出るのは取引の構造として自然な流れだと思って大丈夫です。

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株式を売る形でも法人税が関係することがある

「株式を売る形なら、税金は個人側の話だけで、法人税は関係ない」こう聞いたことがある方も多いと思います。たしかに、株式を売ってお金を受け取るのは、基本的には株主など個人側です。

ただ、実務では「株式を売る形」で進めていても、途中で法人税の話が出てくることがあります。

株式を売る取引そのものではなく、売却の前後で会社の中で何かが動くと、法人税の話が出やすい

会社が何かを売ったり動かしたりすると法人税が発生する

株式を売る形は、「会社の持ち主が変わる」取引です。会社が何かを売ったわけではないので、株式譲渡そのものが会社の売上になるわけではありません。

それでも法人税が関係してくるのは、交渉の途中で次のような動きが入るときです。

• 会社が持っている資産を売却する
• 事業と関係の薄い資産やお金の置き方を変える
• グループ内や関係者間で資産や契約を動かす

会社が資産を売ったり動かしたりすると、結果として会社に利益が出ることがあり、利益が出れば法人税の話が出てきます。

売却前の整理で税金が増えることがある

株式を売る形の交渉では、買い手から「売る前に会社の中を少し整えてほしい」と言われることがあります。

• 使っていない資産があるなら処分してほしい
• 事業と関係ない資産は外に出してほしい
• 会社の中に大きなお金が残りすぎているので扱いを決めたい

こうした整理は、整理の方法によっては会社側で利益が出やすくなり、法人税の負担が増えることがあります。

その整理は、会社の中で「売る・処分する・移す」動きが入るか。ここを確認するだけで、税金の話が整理しやすくなります。

役員退職金や配当の扱いで数字が変わることがある

もう一つ、株式を売る形で混乱しやすいのが、役員退職金や配当の話です。

どちらも「オーナーの手元にお金が入る」話に見えますが、退職金や配当は会社から支払うお金です。

会社から支払うお金の扱いによって、会社の利益の出方が変わり、法人税の見え方も変わることがある

もし交渉の中で「退職金」「配当」という言葉が出たら、まず次の2点だけ確認すると話が整理されやすいです。

• いつ支払う前提なのか
• 会社の数字にどんな影響が出る前提なのか

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法人税の金額感は何で決まりやすいか

法人税の話で混乱しやすいのは、「売却額が大きい＝法人税も大きい」と感じてしまう点です。

実際には、法人税の金額感は売却額そのものよりも、会社にどれくらい利益が出たかでブレやすいです。

帳簿の利益と売却で出る利益はズレやすい

普段の決算で見ている利益は「日々の売上と費用」の積み上げです。
一方、売却で出る利益は、ざっくり言うと売った金額と帳簿に載っている金額の差で出てきます。

法人税の金額感は、売却の利益がいくら乗るかで一気に変わりやすい

繰越欠損金が使えるかどうかで差が出やすい

繰越欠損金は、過去の赤字を将来に繰り越して、将来の利益と相殺できる可能性がある仕組みです。

もし売却で利益が出たとしても、繰越欠損金が使えると、課税される利益が小さくなることがあり、法人税の金額感が大きく変わることがあります。

ただし、繰越欠損金は「ある＝必ず全部使える」とは限りません。税務上の要件や会社の状況、取引の進め方で、使える範囲が変わることがあります。

• 繰越欠損金の残高がどれくらいあるか
• 今回の利益と相殺できる前提で話が進んでいないか

買い手の希望するスキームで結果が変わることがある

法人税の金額感は、売り方の枠組みが少し変わるだけで、見え方が変わることがあります。

買い手側には、引き継ぎやすさ、リスクの持ち方、社内ルールなどの理由で「こういう形で進めたい」という希望が出ることがあります。
その希望が、会社側で資産を動かしたり、何かを売ったりする動きにつながると、結果として会社の利益が増えやすくなることがあります。

買い手から形の提案が出たときは、まずこれだけ確認すると整理しやすいです。

• 会社の中で何を動かす前提になっているか
• その動きで会社に利益が出る可能性があるか

法人税の金額感は、細かい税率の暗記よりも、会社に出る利益がどこで増えるかを押さえるだけで見通しが立ちやすくなります。

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見積もりの前にそろえる数字と資料

法人税の見積もりや、売却のシミュレーションをお願いするときに、いちばん大事なのは前提をそろえることです。

ここがそろっていないと、同じ会社の話をしているのに、出てくる数字がバラバラになりやすいです。結果として「どれが正しいの？」と迷ってしまいます。

逆に言うと、資料を全部完璧に集めなくても大丈夫です。まずは最低限これだけをそろえるだけで、話が一気に早くなります。

直近の決算書で最低限見たい項目

まずは直近の決算書です。できれば直近2〜3期あると比較しやすいですが、最初の相談は直近1期でも進められます。

• 損益計算書の売上と利益
• 役員報酬の金額
• 貸借対照表の現預金と借入
• 売掛金と買掛金の残高
• 棚卸資産がある場合はその金額

固定資産の内容と簿価の一覧

次に、固定資産の一覧です。一般的には固定資産台帳や、減価償却の明細で確認できます。

固定資産は、帳簿上の金額と実態の価値がズレやすいので、見積もりの前提がブレやすいポイントです。

• 資産の種類（建物、機械、車両、工具など）
• 取得時期
• 簿価（帳簿に残っている金額）
• 今も使っているかのメモ

簿価が分かるだけで、売却時に利益が出やすいかどうかの見当がつきやすくなります。

過去の申告書で確認したいポイント

最後に、法人税の申告書です。提出した申告書があれば安心ですが、最初の段階では「どこを確認したいか」が分かっていれば十分です。

• 欠損金が残っているか（過去の赤字の繰り越し）
• 税務上の調整が大きい年があるか（会計の利益と税務の利益がズレている年）
• 特別な処理が入っていないか（大きな資産売却など）

決算書の利益と、申告書で計算している利益が大きく違う年があるかだけ把握できると、見積もりの前提がズレにくくなります。

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交渉中に法人税の話が出たときの見方

交渉が進んでくると、「この形だと法人税がこうなります」「税金を考えると実質はこのくらいです」と言われることがあります。

ここで大事なのは、税金の知識よりも見方です。次の3つを順番に押さえると整理しやすくなります。

提示額だけでなく手取りまで並べて比較する

提示額が高い案が、手取りでも高いとは限りません。法人税の負担が増える形だと、同じ提示額でも残り方が変わるからです。

提示額が高い案が、手取りでも高いとは限らない

税金の前提が違う見積もりはそのまま比べない

見積もりが複数出てきて数字が違うときは、正しさの勝負をする前に、前提が同じかを確認した方が早いです。

この見積もりは、どこまでの税金を、どの前提で入れていますか

• 会社側の税金を含めているか、個人側だけの話か
• 売却前に何か整理する前提が入っているか
• どの時点の数字で計算しているか

誰が負担する前提なのかを言葉で固定する

税金の話がこじれやすいのは、金額よりも負担する人が曖昧なまま進むときです。

この税金は、会社側で負担する前提ですか。それとも、価格で調整する前提ですか

負担の前提を言葉で固定しておくと、あとで「そんなつもりじゃなかった」が起きにくくなります。

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税理士に相談するときに話が早くなる聞き方

法人税の相談は、税理士にお願いするのがいちばん安心です。
ただ、相談の入口で前提の渡し方が整っていないと、「資料が足りないので分かりません」で止まりやすくなります。

取引の形とお金の流れを先に共有する

いきなり「法人税はいくらですか？」ではなく、まず次の2つを先に共有すると話が早いです。

• どの形で進める話か（株式を売るのか、事業を売るのか）
• お金はどこに入る想定か（会社に入るのか、個人に入るのか）

加えて、「決まっていること」と「まだ未確定なこと」を分けて伝えると、税理士が判断しやすくなります。

不利になりやすいパターンを先に確認する

税額のピッタリ当てよりも、価値が大きいのは後から不利になりやすいところを避けることです。

この進め方で、売主側が不利になりやすいところはどこですか

• 税金が増えやすい動きはどこですか
• 見落としやすい論点はありますか
• 前提がズレると危ないポイントはどこですか

概算と確定の違いを分けて依頼する

交渉中は前提が動くので、現時点で出せるのは基本的に概算です。確定させるには、前提と資料が固まっている必要があります。

おすすめの依頼のしかたは、こうです。

いまは判断の材料が欲しいので、前提を置いた概算と、前提が変わったときの振れ幅を教えてください

もし確定の段階なら、こう頼むと自然です。

前提が固まったので、必要資料の一覧と、確定に向けた手順を教えてください