東京都の経営統合支援とは？工場再編と事業承継で確認したい要件

東京都内で工場を営む会社が、M&Aや事業承継をきっかけに二つの工場をまとめたり、新しい生産拠点を整えたりするときは、譲渡価格や設備代だけでなく、建物、移転、生産停止期間、従業員の通勤、取引先への供給を一緒に考える必要があります。

東京都中小企業振興公社の「経営統合等による産業力強化支援事業」は、経営統合等を契機とした都内工場の新設・増改築や設備導入等を支える、規模の大きな助成制度です。2026年度は連携枠で最大4億円、単体枠で最大3億円とされました。

ただし、2026年度の申請受付は2026年10月7日17時に終了しています。この記事は、終了した募集へ申し込むことを勧めるものではありません。制度の対象や規模感を振り返りながら、工場再編を伴う事業承継・M&Aを検討する経営者が、今から社内で整理できる論点をまとめます。次回募集の有無、時期、条件は公表されていないため、2026年度の条件をそのまま将来へ当てはめないようにしてください。

出典：東京都中小企業振興公社「経営統合等による産業力強化支援事業」および2026年度募集要項。日付・金額は2026年10月11日に確認した2026年度の公表内容です。

この制度が支えようとしているのは、M&A費用そのものではなく工場再編

制度名に「経営統合」とあるため、仲介手数料や株式の取得代金を助成する制度だと思われるかもしれません。しかし、2026年度の主な対象経費は、都内工場の建設費、設備・システム等導入費、調査費、広告宣伝費などです。株式の取得代金や成功報酬を直接補う制度ではありません。

連携枠では、株式譲渡、第三者割当増資、株式交換、株式移転、事業譲渡、吸収合併・新設合併、吸収分割・新設分割が対象となる経営統合等として示されました。経営統合の相手先は都外企業でも構いませんが、助成事業で整備する工場や設備の実施場所は都内であることが基本です。

たとえば、都内の加工会社が、後継者不在の協力会社を株式譲渡で引き継ぎ、両社の設備と技術を新しい都内工場へ集約する場合が考えられます。このとき制度が見るのは、「会社を買った」という事実だけではありません。統合によって供給能力、品質、納期、開発力などがどう高まり、都内のサプライチェーンへどのような効果が生まれるのかが重要です。

一方、会社売却を考える譲渡側の経営者にとっても無関係ではありません。買い手が工場集約を計画している場合、どの設備、技術、人材、取引を残したいかを明確にしておくと、統合後の姿を話し合いやすくなります。ただし、助成金のために相手を選ぶのではなく、従業員・取引先・技術をどのように引き継ぐかを先に考えることが大切です。

連携枠と単体枠は、M&Aの有無だけでは選べない

2026年度は「連携枠」と「単体枠」の二つが設けられました。連携枠は経営統合等が必要ですが、単体枠はM&Aを行わない会社も対象候補です。ただし、単体枠は通常の設備更新を広く支援するものではなく、サプライチェーンへの影響が大きい企業による大規模な変革が前提でした。

数字だけを見ると単体枠も大きな支援に見えますが、助成下限5,000万円、直近営業黒字、都内で実質的に10年以上の事業実績など、一定の規模と継続性が求められます。老朽機械を一台更新する会社や、小規模な事務所統合を行う会社に、そのまま当てはまる制度ではありません。

連携枠は助成下限が1,000万円で、対象経費は少なくとも1,500万円以上となります。助成率2/3をそのまま使って上限4億円に達するには、単純計算で6億円の対象経費が必要です。単体枠も助成率1/2で上限3億円に達するには、同じく6億円の対象経費が必要です。これは税や対象外費用を含めない計算であり、「最大4億円」が一般的な申請額を示すわけではありません。

2025年度の採択4社から見える制度の規模感

公式ページには、2025年度の採択事業者4社が掲載されています。大田区の精密機械製造、青梅市の精密板金加工、武蔵村山市の新工場建設、荒川区の本社再開発など、いずれも製造拠点や供給能力に関わるテーマでした。

この4件を見て「製造業なら採択される」と考えることはできません。公表されているのは会社名、所在地、テーマ、枠であり、申請総数、審査点、実際の助成額までは示されていません。また、2026年度も採択予定は4件程度でした。限られた情報から採択率や因果関係を推測せず、「都内供給網への効果と工場再編を説明する規模の制度」と読むのが適切です。

対象経費は、工場建設・設備・調査・広報に分けて考える

工場再編では、建物、機械、システム、移転、解体、許認可、設計、従業員教育など多くの支出が発生します。2026年度の募集要項では、すべてが助成対象になるわけではありませんでした。

建設費は、都内で新設または増改築する工場の工事費と工事監理費が中心です。単なる修繕、建物の購入、土地取得・造成、既存建物の解体、外構工事、従業員寮などは対象外の例として示されています。設備・システム等導入費は、施設運営に必要な生産設備、生産管理システム、備品などが候補ですが、この経費区分の限度額は5,000万円です。

見積りにも厳格な条件がありました。工事費と工事監理費は金額にかかわらず2社以上、設備・システム導入費は1契約100万円以上なら2社以上の見積りが必要です。「工事一式」「設備一式」ではなく、数量、単価、仕様、工事範囲を分けた内訳が求められます。

工場を新設・増改築する場合は、建物や設備の所有権、土地・建物の登記、借地契約、貸主の建設許可、根抵当権なども確認事項です。2026年度要項では、助成事業で新設・増改築する建物に根抵当権を設定できず、必要な融資のための普通抵当権も事前申告が必要とされました。融資契約を決める前に、金融機関と公社の双方へ制度利用予定を伝えることが重要です。

後継者向け設備助成との違いは「会社単体の設備」か「統合と工場再編」か

東京都には、後継者が中心となる設備投資を支援する「躍進的な事業推進のための設備投資支援事業」の後継者チャレンジもあります。第14回は2026年10月23日9時から11月24日13時までが申請期間です。

後継者チャレンジは、承継を契機とした機械・器具・ソフトウェア等の導入が中心で、助成額は100万円から1億円です。これに対し、経営統合等による産業力強化支援は、都内工場の新設・増改築を含む大規模な再編を想定し、連携枠では経営統合等が必要です。

どちらも名前や金額だけで選べません。後継者が一台の生産設備を導入する計画と、M&A後に二社の工場を再編する計画では、必要な資金、人員、期間、許認可が異なります。後継者チャレンジの条件は、後継者の設備投資に使える東京都助成金で詳しく整理しています。

工場再編で先に整理したい7つの実務

1．統合後に残す技術・設備・取引を言葉にする

買い手と売り手の設備を並べるだけでは、統合の目的は伝わりません。どの技術を残したいか、どの取引先への供給を守りたいか、どの工程を内製化または集約したいかを整理します。先代の経験は、図面や設備台帳だけでは分からない納期感覚、品質の勘所、協力会社との関係にもあります。後継者や買い手が聞き取る時間を計画に入れてください。

2．生産停止を含む移行日程を作る

工場移転では、機械を止め、搬出し、据え付け、試運転し、品質を確認する期間が必要です。建物が完成しても、すぐに出荷できるとは限りません。主要顧客ごとに安全在庫、代替生産、承認手続き、初回出荷の時期を確認し、売上と資金繰りへ反映します。

3．従業員の働き方を確認する

拠点が変われば、通勤時間、勤務シフト、配置、職務、就業規則、安全教育も変わります。経営上合理的な集約でも、従業員にとっては生活に関わる変化です。決まったことだけを直前に伝えるのではなく、守秘義務に配慮しながら、説明できる時期と相談窓口を決めておきます。

4．M&A契約と設備契約の日程を分ける

会社の株式譲渡契約、工場建設契約、設備発注、融資契約は別の契約です。助成制度では、交付決定前の契約・発注・支払が対象外となることがあります。一方で、M&Aの相手との契約は一定期間内に成立している必要があります。すべてを同じ日程表に置き、どの契約をいつ結ぶかを専門家と確認します。

5．助成対象外を含めた総額で資金計画を作る

土地、解体、移転、消費税、対象外設備、専門家報酬、運転資金などは、助成対象外となる可能性があります。助成対象経費だけの予算表では、実際に必要な現金を見誤ります。工場再編中の売上減少や在庫積み増しも含め、月ごとの資金繰りを作ります。

6．許認可・消防・建築・環境対応を調べる

扱う材料や設備によって、建築確認、消防、騒音・振動、危険物、廃棄物、業法上の許認可などが関わります。現在の工場で許可を得ていても、新しい場所へ自動的に引き継げるとは限りません。設計の初期から行政窓口と専門家へ確認します。

7．統合しない選択肢とも比べる

工場統合は、固定費や物流を減らす可能性がある一方、災害や設備故障の影響が一拠点に集中することもあります。二拠点を残す、工程だけを移す、設備更新を先にする、業務提携から始めるなど、別の選択肢も比較すると、統合の目的が明確になります。

オーナー社長と後継者で考える具体例

都内で精密部品を加工するA社は、社長が70代となり、後継者候補の工場長と今後を話し合っています。近隣のB社は独自の表面処理技術を持ちますが、後継者がいません。両社は長年取引があり、A社がB社の株式を取得し、新しい都内工場に加工・表面処理・検査を集約する案を検討しています。

この計画で大切なのは、「B社を引き継げば売上が増える」という説明だけではありません。B社の熟練者がどの工程を担っているか、技術を何年で引き継ぐか、A社の顧客が求める品質認証をどう維持するか、移転中にどこで生産するかを具体化します。

仮に対象経費が3億円で、全額が認められ、連携枠の助成率2/3を適用できるとすると、計算上の助成額は2億円です。しかし、実際には消費税、土地、解体、対象外費用が別にあり、助成金は支出より後に受け取ります。A社は3億円だけでなく、対象外費用と運転資金を含む総支払額を用意しなければなりません。

また、従業員全員が新工場へ通えるとは限りません。通勤が難しい方への対応、技能継承期間、待遇の違い、安全教育を計画に入れます。助成金が使えるかどうかと、統合後も従業員が安心して働けるかどうかは、分けずに考えたい論点です。

この例は制度の読み方を説明するための仮定であり、採択や助成額を示すものではありません。実際には経営統合の契約形態、企業規模、所在地、財務、建物、抵当権、見積り、審査などを個別に確認します。

次の公式発表を待つ間にできる準備

次回募集があるかどうかは分かりません。それでも、工場再編や会社の引継ぎに必要な整理は、制度の有無にかかわらず経営判断に役立ちます。最初から申請書を完成させる必要はありません。

• 会社・工場ごとの製品、工程、設備、稼働率、修繕履歴を一覧にする
• 主要顧客・仕入先ごとに、移転時の承認や供給継続条件を確認する
• 株式譲渡、事業譲渡、合併などの候補を税務・法務面から比較する
• 候補地、建物規模、設備配置、許認可、電力・通信等の条件を整理する
• 従業員の通勤、配置、技能継承、雇用条件を確認する
• 対象外費用を含む総投資額と、月別の資金繰りを試算する
• GビズIDプライムへログインできるか確認する
• 公式ページの更新情報を確認し、募集が公表されたら最新要項を読み直す

会社売却をまだ決めていない場合は、「誰へ売るか」より先に、会社の何を残したいかを整理しても構いません。従業員の雇用、取引先への供給、社名、技術、工場、地域との関係のうち、優先したいものを言葉にすると、親族承継、従業員承継、第三者承継を比較しやすくなります。東京での相談先や進め方は、東京のM&A・事業承継データも参考にしてください。

相談時に持っていくと話しやすい資料

初回相談ですべてを揃える必要はありません。手元にあるものから始め、必要な資料を支援機関や専門家と一緒に確認できます。

• 直近3期の決算書・確定申告書
• 会社概要、株主構成、組織図
• 工場・土地・建物の登記、賃貸借契約、抵当権の状況
• 設備台帳、レイアウト図、主要設備の稼働状況
• 統合相手との契約や基本合意の検討状況
• 建設・設備のおおよその見積りと希望時期
• 主要顧客・仕入先、売上依存、供給停止の影響
• 従業員数、勤務地、技能継承の課題

2026年度の正式申請では、直近3期分の確定申告書、登記簿、納税証明書、会社案内、見積書、建物図面・工事仕様書などが求められました。分配企業がいる場合は、相手方の資料も必要でした。将来の募集で同じ書類になるとは限りませんが、経営統合の検討に必要な基礎資料として整えておく価値があります。

よくある質問

2026年度分へ今から申請できますか？

できません。公式ページには「令和8年度の申請受付は終了しました」と明記されています。延長後の締切は2026年10月7日17時でした。次回募集の有無・時期・条件は公表を待ち、過去の要項だけで契約や投資を決めないでください。

会社売却の仲介手数料に使えますか？

この制度は工場建設や設備導入等を支える制度で、株式の取得代金やM&A仲介手数料を中心に補う制度ではありません。仲介・FA、デューデリジェンス等の費用は、国の事業承継・M&A補助金など、別制度の最新公募を確認します。

売り手企業も申請者になれますか？

株式譲渡の例では、株式を取得して子会社化するA社が申請企業として示されています。連携枠では相手企業を「分配企業」とし、その企業が支払った対象経費を含められる取扱いもありました。実際の申請主体は統合手法や支払者によって変わるため、契約案と資金負担を示して公社へ確認します。

相手会社が東京都外でも対象になりますか？

2026年度要項では、経営統合の相手先は都外企業でもよいとされました。ただし、申請者の都内事業実態や、助成事業を実施する工場・設備の場所など、別の都内要件があります。相手先が都外という一点だけで可否を決めないようにしてください。

既存工場を修繕する費用も対象ですか？

単なる修繕や価値向上を伴わない工事は対象外の例です。新設・増改築と一体の工事か、工場再編の目的に直接必要かを確認します。修繕と増改築が混在する見積りは、工事項目と金額を分けてもらうと判断しやすくなります。

最大4億円は先に受け取れますか？

上限額が先払いされる制度ではありません。原則として、交付決定後に事業を行い、会社が支払い、完了報告・検査・額の確定を経て請求する流れです。採択時の予定額から減額される可能性もあるため、助成金がなくても支払える資金計画が必要です。

土地を買う費用や古い工場の解体費は対象ですか？

2026年度要項では、土地取得・造成・補償、既存建築物の解体、単なる建物購入などは対象外の例として示されました。工場再編の総額を考える際は、これらを自己資金や融資で賄う費用として別に見込みます。

初回相談の前にM&A契約を結ぶ必要がありますか？

相談するために契約を急ぐ必要はありません。むしろ、助成対象となる契約時期や経営統合の形が重要なため、契約案の段階で相談すると確認しやすくなります。初回相談では、相手候補、工場再編の目的、希望時期、概算金額を分かる範囲で共有すれば、必要資料を確認できます。

大きな制度ほど、助成額より統合後の会社を先に考える

経営統合等による産業力強化支援事業は、工場建設を含む大規模な再編を支える一方、対象者、投資規模、財務、都内事業実績、見積り、抵当権、実施後10年間の都内営業など、多くの条件がありました。

会社を築いてこられたオーナー社長にとって、工場は単なる建物ではなく、従業員が技術を磨き、取引先との信頼を積み重ねてきた場所です。統合によって効率が上がるかだけでなく、何を残し、誰が引き継ぎ、現場がどのように働き続けるかを丁寧に考えることが、制度の有無にかかわらず重要です。

まずは、工場ごとの役割、残したい技術、必要な投資、希望時期を一枚にまとめてみてください。すべての方針を決めてからでなくても、M&Aアドバイザー、金融機関、税理士、弁護士、建築・設備の専門家、公的支援機関と相談を始められます。

公式情報

• 東京都中小企業振興公社「経営統合等による産業力強化支援事業」
• 2026年度募集要項（第3版）
• 東京都・東京都中小企業振興公社 2026年6月29日発表資料
• GビズID（公式）

※本記事は2026年10月11日時点の公表資料を基にした一般的な情報です。2026年度の申請受付は終了しており、次回募集の有無・時期・条件は公表されていません。助成金は審査があり、採択・交付を保証するものではありません。制度を検討する際は必ず最新の公式情報と募集要項をご確認ください。M&A、会社法、契約、税務、労務、建築・設備、許認可の判断は、弁護士、税理士、社会保険労務士、建築士などの専門家へご相談ください。